La nouvelle grille de financement du Ministère de l’Éducation, des Loisirs et des Sports (MELS) ne met pas les programmes de génie agroalimentaires dans la famille des programmes d'agriculture, foresterie et géomatique, ce qui fait que les programmes de génie agroalimentaire reçoivent environ 60% moins de financement, ce qui est très préjudiciable à la profession. Le président de l’AIAQ a contacté les doyens des deux facultés d'agriculture et la vicerecteure aux finances de l'Université Laval pour leur signaler la situation. L'exécutif de l'AIAQ a fait parvenir le 20 décembre 2007 au président de la CAAAQ (M. Pronovost) une lettre expliquant la nouvelle grille de financement des secteurs universitaires et son impact sur le développement de l'agroalimentaire québécois.
L'exécutif de l'AIAQ compte intervenir auprès du Ministère de l'éducation, des loisirs et des sports (MELS) et du Ministère de l'agriculture, pêcheries et alimentation du Québec (MAPAQ).